W średniowieczu zabudowa Przegorzał rozciągała się wzdłuż traktu do Oświęcimia oraz w okolicach dzisiejszych ulic Jodłowej i Przegorzalskiej. W ciągu kolejnych stuleci nastąpił podział tej osady i oprócz Norbertanek właścicielami stali się: nieistniejące dziś kościoły Wszystkich Świętych i św. Michała oraz szlachcic Jakub Koniecpolski. W 1528 roku sekretarz królewski Just Decjusz Starszy wykupił część szlachecką, dzierżawiąc ją następnie przybyłym z Włoch kamieniarzom, budowniczym zamku, a ci wkrótce uruchomili tam cegielnie i wapiennik. Jego syn Just Decjusz Młodszy w 1566 roku scalił i przejął części należące dotąd do Norbertanek i kościoła św. Michała. Tak powstał utrzymujący się do końca XIX wieku podział na Przegorzały Duchowne i Szlacheckie. Po Decjuszu kolejnymi właścicielami wsi byli przedstawiciele książęcych rodów: Lubomirskich i Sanguszków. W XIX wieku wieś przejęli Czartoryscy z sąsiedniej Woli Justowskiej i ponownie Lubomirscy. W 1901 roku kolejna właścicielka - Stanisława Anna hr. Skarbkowa - sprzedała folwark Przegorzały Szlacheckie kamedułom z Bielan.